Lasy znajdują się pod stałą presją czynników biotycznych, abiotycznych i antropogenicznych. Prowadzi to do zwiększonej podatności lasów na wszelkie rodzaje szkodników i chorób, tworząc jednocześnie łańcuch procesów destrukcyjnych. Do podstawowych zagrożeń lasów Nadleśnictwa Korpele należy zaliczyć:

• czynniki antropogeniczne: pożary leśne, zanieczyszczenie powietrza, nadmierna penetracja lasu – rekreacja i grzybobrania, narastające zaśmiecanie lasu;
• czynniki abiotyczne: wiatry huraganowe, wiosenne wiatry wysuszające glebę, deficyt opadów, okiść śniegową, okresowe zalewanie, późne przymrozki, upalne lata i grunty porolne;
• czynniki biotyczne: niewłaściwa struktura drzewostanów, szkodliwe owady pierwotne i wtórne, grzyby patogeniczne - głównie korzeniowe, nadmierna liczebność zwierzyny łownej.

    Podstawowymi wytycznymi do działania dla leśników w tym dziale gospodarczym jest Instrukcja Ochrony Lasu.

        Lasy Nadleśnictwa Korpele w większości należy uznać za stosunkowo odporne na zagrożenia. Na siedliskach słabych i porolnych obserwuje się spadek odporności wywołany grzybami patogenicznymi oraz szkodnikami owadzimi pierwotnymi i wtórnymi. W drzewostanach położonych na wschód od miasta Szczytno obserwuje się osłabienie drzew w wyniku zanieczyszczenia powietrza, które przypada głównie na okres sezonu grzewczego.

      Działania gospodarcze w nadleśnictwie powinny wykorzystywać wszelkie sposoby przyczyniające się do zmniejszenia podatności drzewostanów na ewentualne zagrożenia. Realizacja tego zadania powinna polegać na stosowaniu odpowiednich metod hodowlanych i ochroniarskich oraz na prowadzeniu profilaktyki przeciwpożarowej.